Thời Lê Sơ, Phật giáo bị đẩy xuống thứ yếu. Sang thời Lê trung hưng, Phật giáo đóng vai trò quan trọng hơn trong xã hội. Cả vua Lê, chúa Trịnh đều sùng đạo Phật. Nhiều người trong hoàng tộc góp tiền, cúng ruộng và tham gia tu bổ chùa chiền, làm tượng thờ trong chùa[3].

Những ngôi chùa được xây cất hoặc tu bổ thời kỳ này tiêu biểu là[4]:

• Chùa Sùng Phúc (tức chùa Tây Phương) được trùng tu nhiều lần vào các năm 1632, 1690, 1735, 1740;
• Chùa Phúc Long ở Gia Bình (Bắc Ninh) xây dựng thời chúa Trịnh Tráng, lâu ngày bị hỏng, được Trịnh Cương trùng tu năm 1719 tới năm 1725;
• Chùa Độc Tôn và chùa Tây Thiên xây dựng năm 1727;
• Chùa Quỳnh Lâm và chùa Sùng Nghiêm được tu bổ thời Trịnh Giang;
• Chùa Liên Tông[5] xây dựng năm 1726
• Chùa Hồ Thiên xây dựng năm 1737
• Chùa Keo xây từ thời Lý, đến năm 1632 được xây lại và trùng tu nhiều lần
• Chùa Phật Tích cũng được xây từ thời Lý, thời kỳ này được trùng tu mở rộng quy mô
• Chùa Thiên Tích và chùa Đại Bi tại kinh thành được xây thời Trịnh Sâm

Thời Lê Mạt, một số sách Phật học quan trọng đã được trùng san in lại. Sư Liễu Viên chùa Liên Hoa sai đệ tử khắc và in lại tập sách Thiền Tông bản hạnh năm 1745. Sau đó sách Cổ chầu Pháp vân Phật Bản hành ngữ lục được tỳ khưu Tính Mộ tìm và trùng san năm 1752; sách Tam tổ thực lục được trùng san sau đó để ở chùa Vĩnh Nghiêm[6]; sách Trúc Lâm tổ tuệ sư Tuệ Trung thượng sĩ ngữ lục do tỳ khưu Tuệ Nguyên chùa Long Động (Yên Tử) in lại năm 1763[7]. Một quý tộc họ Trịnh đã xuất gia trở thành Lân Giác thiền sư ở chùa Liên Hoa (Hà Nội).

Trong không khí sùng Phật đương thời, vẫn có số ít quan điểm đứng trên tư tưởng Nho giáo bài xích đạo Phật mà điển hình là Ngô Thì Sĩ, coi đó là mê tín dị đoan[8].